On peut faire remonter l'origine de l'orgue à la flûte de Pan, le premier instrument qui utilise pour chaque note un tuyau à son fixe. L'orgue élémentaire est en somme une flûte de Pan où le souffle du joueur serait remplacé par un mécanisme producteur de vent. Cet orgue aurait été inventé par Ktesibios (un grec) au IIIe siècle avant Jésus-Christ. Il prendra le nom de «hydraule», car le vent y est produit par des pompes hydrauliques.
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Le principe de l'alimentation en air de l'orgue est donc trouvé ainsi que sa conception mécanique.
Les vestiges d’un instrument du IIIe siècle de notre ère ont été découverts aux environs de Budapest (Hongrie) : 13 touches y faisaient parler 4 rangs de tuyaux. Il s’agissait déjà d’un instrument pneumatique et non plus hydraulique (avec soufflets).
Bien que l'on trouve des instruments appliquant sommairement ce principe à Rome, à Byzance ou en Extrême-Orient, le véritable ancêtre de l'orgue actuel n'apparaît qu'au Xe siècle, en Europe, dans quelques châteaux, dans les églises qu'il ne quittera guère jusqu'au XIXe siècle. D'abord posé dans le choeur, semble-t-il, puis posé sur une tribune, cet orgue médiéval est appelé «positif» : il consiste en un clavier d'une octave associé à deux ou trois jeux (familles de sons) indissociables, le «plein-jeu». Puis, on retrouve le « portatif » de plus petite taille, qui pouvait être joué dans une procession. Même à cette époque on retrouve déjà des instruments aux dimensions impressionnantes. La ville de Winchester possède un orgue de 400 tuyaux nécessitant le concours de 70 souffleurs et 2 organistes !
Jusqu'au XVe siècle, l'orgue évolue lentement.
Du Xe au XIIIe siècle : répartition des tuyaux en jeux de plusieurs rangs (jusqu’à 10), augmentation du nombre de touches (passe de 1 à 4 octaves). L’orgue est introduit dans les églises. Buffets richement décorés.
Au XIVe siècle : apparition du clavier de Pédale, invention des principaux jeux d’anches, premières oeuvres écrites spécifiquement pour orgue (Angleterre).
Au XVe siècle : on introduit la séparation des jeux. L'organiste, dès lors, peut «registrer» : il peut choisir ses jeux. Certains instruments ont 3 claviers (en plus du pédalier).