À la façon d’un chef d’orchestre, l’organiste appelle à différents instants de l’exécution d’une pièce selon l’époque, le style (tradition), la disponibilité des jeux, et son bon goût d’exécutant, un jeu solo ou un ensemble de jeux. L’art d’utiliser rationnellement et artistiquement cette variété de timbres s’appelle la « registration ».
Parmi les mélanges les plus usités citons :
Le Plein-jeu:
C’est, comme son nom l’indique, la sonorité pleine et si caractéristique de l’orgue. Le Plein-jeu est composé de jeux dits Principaux (tuyaux de taille moyenne) auxquels on ajoute des jeux de mutations composés aussi appelés Mixtures. Ce sont des groupements d'octaves et de quintes aiguës. Pour une note, il y aura donc plusieurs rangées de tuyaux qui parleront simultanément.
Exemple sonore de Plein-jeu
Le Cornet:
Sur une base de Flûte (ouverte ou bouchée si c'est un Bourdon) s'étagent les mutations. Superposées selon l'ordre d'apparition des harmoniques naturelles, elles donnent les divers "jeu de tierce". En voici la composition :
| Son 5 | Harmonique 4 | Tierce 1 3/5' | mi3 |
| Son 4 | Harmonique 3 | Quarte 2' | do3 |
| Son 3 | Harmonique 2 | Nasard 2 2/3' | sol2 |
| Son 2 | Harmonique 1 | Flûte 4' | do2 |
| Son 1 | Fondamentale | Bourdon 8' | do1 |