Lorsque l'on regarde la console d'un orgue, on est souvent frappé par le nombre variable de ses claviers. Dans un grand instrument, il peut y avoir de 2 à 5 claviers manuels ainsi qu'un pédalier. À chacun des claviers correspond un plan sonore déterminé, car les tuyaux de chaque clavier seront disposés sur un sommier ayant une place déterminée dans l'espace. Chaque clavier recevra donc un nom particulier qui indiquera à quelle partie de l'orgue correspond les tuyaux qu'il fera sonner.
Le clavier de GRAND-ORGUE fait sonner les tuyaux situés au-dessus de l'organiste sur les sommiers du grand-orgue. Ce clavier est celui qui commande les jeux les plus importants de l'orgue et en particulier les tuyaux les plus graves des claviers manuels.
Le clavier de POSITIF fait sonner les tuyaux situés dans le buffet accolé au banc de l'organiste (Positif de dos). Ce clavier est prévu essentiellement pour répondre au clavier de Grand-orgue, il sera donc de moindre importance mais la composition des jeux devra être choisie en tenant compte de la composition des jeux du Grand-orgue. Ce clavier comportera aussi quelques jeux solistes (ex. le Cromorne).
Le clavier de RÉCIT fait sonner les tuyaux situés sur un sommier disposé dans le haut de l’orgue et en arrière des tuyaux de façade du Grand-orgue. La conception de ce clavier est différente selon les pays et les époques. Le sommier de Récit est généralement entouré d'une caisse dans laquelle sont découpées des jalousies. Celles-ci s'ouvrent ou se ferment grâce à l'action d’une pédale dont dispose l'organiste à la console. Dans ce cas, on parlera d'un clavier de Récit expressif. Le Récit de l'époque romantique comporte un assez grand nombre de jeux, notamment des jeux à taille étroite et des anches.
S’ajoutent à ces claviers plus communs, le clavier de BOMBARDE qui fait généralement sonner une batterie de jeux d’anche et le clavier D’ÉCHO qui comporte un jeu de Cornet et quelques autres jeux de détail.
Depuis le XIXe siècle, les claviers manuels comptent en général de 54 à 61 touches.
Le PÉDALIER est constitué de touches qui seront actionnées par les pieds de l’organiste. Les tuyaux de Pédale vont donner les notes les plus graves de l’instrument.
Le pédalier a beaucoup évolué au cours des siècles. Il apparaît en Allemagne au XVe siècle avec huit, puis dix-sept touches. Il s’est surtout développé en Allemagne. À l’époque classique, l'orgue allemand comporte un pédalier analogue à celui que l’on connaît sur les instruments actuels. Le pédalier à la française ou le pédalier italien compte encore au XVIIIe siècle un nombre réduit de touches (17 à 20) formées de chevilles courtes et d’un maniement difficile. C'est une des raisons de la grande différence qui existe entre la musique classique d'orgue allemande et la musique française, italienne ou espagnole de la même période. Le pédalier à l'allemande permettait une virtuosité dont témoignent les oeuvres de Buxtehude, Bach et Krebs. Le pédalier actuel compte 30 (ut l à Fa 3) ou 32 (ut 1 à sol 3) notes et est souvent concave et radial.
À chaque clavier est dévolue, dans l’esthétique du temps, une fonction, et donc une palette de sonorités, établies en relation avec celles des autres claviers.
La différenciation des claviers permet d’opposer des timbres et de distinguer des voix dans une polyphonie; mais il est également possible de faire sonner ensemble les jeux de différents claviers grâce aux dispositifs des accouplements et des tirasses.